Gengis meurt des suites d'une chute à cheval lors d'une partie de chasse¹⁰ (d'après l'histoire secrète, il aurait eu le temps d'exposer à son plus jeune fils, Tolui, les plans utilisés plus tard pour achever la destruction de l'empire des Jin).
Son corps est ramené en Mongolie. Sur le chemin du retour, son escorte tue tout témoin du cortège, et elle est ensuite tuée, afin que le lieu de sa dernière demeure reste secret.